به طور کلی به نظر می‌رسد که توافق دوحه دارای دو مشکل بنیادین و اساسی است و همین دو مشکل باعث شکنندگی بیشتر این توافق شده است.
 
توافق دوجانبه میان سه طرف
نخست آن که طرف‌های مذاکرات صلح برای آینده افغانستان در میدان عمل و در حقیقت سه طرف شامل دولت کابل، دولت واشنگتن و  گروه طالبان هستند، اما توافق دوجانبه و تنها میان آمریکا و گروه طالبان امضا شده است.

به عبارت دیگر امضا دولت کابل در پای توافق صلح با طالبان وجود ندارد، اما دولت کابل طرف اجرایی توافق است. این تناقض باعث شده تا دولت کابل تعهدات خود را منوط به درخواست‌هایی کند که پیشتر به صورت دوجانبه با نمایندگان طالبان در میان گذاشته شده بود.

از سوی دیگر انتظارت گروه طالبان از انجام تعهدات دولت کابل مبتنی بر توافق امضا شده با نماینده آمریکاست و ممکن است واشنگتن تعهداتی را از سوی دولت کابل اعلام کرده که برای ارگ ریاست جمهوری افغانستان چندان قابل پذیرش نباشد.
لذا مشکل بنیادین توافق صلح عدم وجود امضای طرف سوم در این توافق یعنی دولت کابل است که گاه بدبینی‌ها نسبت به تداوم این توافق را بیش از خوش بینی نسبت به آینده و سرانجام آن می‌کند.
 
سوءظن سه جانبه، پاشنه آشیل توافق دوجانبه
عدم وجود امضای طرف سوم توافق صلح طالبان، یعنی دولت کابل در پای امضا توافق صلح یک نتیجه بسیار مهم را داشته و آن هم عدم درک متقابل سه طرف از توافق صلح است.

در واقع سه گروهی که در افغانستان ذی نفع اصلی در توافق صلح هستند، هرکدام تفسیر متفاوت خود را از این توافق دارد و همین تفسیر متفاوت به ایجاد سوءظن سه جانبه در این توافق و نارضایتی طرف‎‌های درگیر شده است.

طالبان: از یک طرف طالبان با امضا توافق صلح به چیزی کمتر از خروج کامل نیروهای خارجی و آمریکایی از افغانستان نمی اندیشد و امید بسیاری برای به دست گیری کامل قدرت در کابل دارد. طالبان اعلام کرده که معتقد به شراکت قدرت در کابل است اما آن چه طالبان از مشارکت در قدرت تعریف می‌کند دارای تفاوتی بنیادین با خواسته مشارکت در قدرت از سوی دیگر گروه‌ها دارد. همچنین طالبان به دولت کابل بسیار بدبین و این دولت را در نتیجه توافق پشت پرده قدرت‌های خارج از افغانستان می‌شناسد و از این منظر تا کنون انتخابات‌های افغانستان را از جمله انتخابات اخیر را به رسمیت نشناخته و همواره بر غیرمشروع بودن دولت مستقر در ارگ ریاست جمهوری افغانستان تاکید دارد. به نظر می‌رسد مدل موردنظر طالبان برای روی کارآمدن دولت در کابل، دولتی است که روند برگزاری انتخابات آن با مدیریت اجرایی این گروه و حتی حق نظارت بر صلاحیت نامزدان انتخاباتی صورت گیرد و غیر از این را به عنوان دولت غیرمشروع معرفی می‌کند.

ارگ ریاست جمهوری افغانستان: دولت کابل نیز از طرف دیگر به شدت نسبت به مشارکت طالبان در قدرت مظنون است و نگران از آن است که طالبان به دنبال انحصار کامل قدرت باشند و در این شرایط تمام روند دولت سازی نیم بند و ناتمام افغانستان طی 19 سال گذشته متوقف و از مسیر خارج شود.

در واقع ارگ ریاست جمهوری امیدی ندارد که با ورود طالبان به کابل بتواند قدرت را به مانند امروز به صورت یکپارچه در دست داشته باشد و بسیار بیمناک است که طالبان در واقع قدرت حاکمیت ارگ را از خیابان‌های کابل بگیرد.

آمریکا: سوی دیگر ماجرا؛ خوش بینی غیرواقعی و بدبینی همزمان آمریکایی‌ها هم به دولت افغانستان و هم به گروه طالبان است. آمریکا به عنوان طرف اصلی امضای توافق صلح با طالبان نسبت به رویکرد دولت کابل در روند توافق صلح بدبین است و دولت کابل را مانع اجرای این توافق می بیند و خواستار پای بندی کامل دولت کابل به بندهای توافق صلح است، در حالی که دولت کابل در حقیقت توافقی را امضا نکرده است!

به عبارت دیگر ژست مداخله آمیز آمریکا در روند تحولات افغانستان و انتظار مقامات کاخ سفید از اجرای مو به موی تعهدات صلح با طالبان از سوی دولت کابل چندان با حاکمیت و استقلال دولت مرکزی افغانستان سازگار نیست و در واقع آمریکا رویکردی از بالا به پائین در برابر دولت کابل در پیش گرفته که نه تنها استقلال عمل دولت افغانستان را زیر سوال برده، که در عمل به تضعیف بیشتر این دولت منجر شده است و دولت کابل را موظف به اجرای تعهداتی می داند که واشنگتن امضا آن را امضا کرده نه مقامات افغانستان!

واشنگتن همچنین بسیار نسبت به توافق صلح خوش بین است و انتظار دارد که گروه طالبان با امضای این توافق به عنوان یک حزب سیاسی و در چارچوب ساختار سیاسی فعلی مستقر در افغانستان وارد میدان سیاسی این کشور شده و با پذیرش دیگر گروه‌های سیاسی به عنوان حزبی مدنی و غیرمسلحانه در انتخابات شرکت کند. این خوش بینی مفرط واشنگتن به توافق صلح با طالبان ناشی از آن است که کاخ سفید تا کنون از اساس نتوانسته و یا نخواسته دلایل مخالفت طالبان را درک کند. در حالی که طالبان دولت مستقر در کابل را از اساس غیرمشروع و غیرقانونی می‌دانند، واشنگتن به ورود طالبان به رقابتهای مدنی چشم امید دارد، اگرچه چنین انتظاری با واقعیات جاری در افغانستان چندان سازگار نیست.