ورغم سوء حالة "عبد الرحمن" عقب إصابته بجلطة أدت الى شلل نصفى بالجانب الأيمن، صعوبة في التكلم بنسبة، تأخر نقله في البداية إلى مستشفى الخارجة العام، إلا أن التدهور المستمر لحالته أدى لموافقة إدارة السجن على نقله لمستشفى أسيوط الجامعي.
و عبد الرحمن الخليل يقضي في السجن حكماً صدر بحقه في 13 أبريل 2014 بالسجن لمدة ثلاث بالسجن ثلاث سنوات لاتهامه بالانضمام لجماعة الإخوان وإثارة الشعب والاعتداء على مواطن مؤيد لقائد الانقلاب وغيرها من التهم التي تلفق لكل رافض للانقلاب مؤيد لعودة الشرعية.