حضور علما در بدنه حکومت طالبان در افغانستان از جهات مختلف دارای ابهام‌های فراوان است. حتی نوع انتخاب رهبر فعلی طالبان نیز یکی از این ابهام‌ها است که در شورای کویته چه اتفاقی رخ داد که وی به عنوان رهبر طالبان انتخاب شد.